Pubblicato il catalogo delle proteine umane, sono più di 17 mila

Sono due le bozze pubblicate da su Nature da due gruppi di ricercatori indipendenti. Ora si apre la strada allo studio più approfondito di diverse malattie

In principio fu il genoma umano. Ora, invece, ad attirare l'attenzione del mondo, scientifico e non, è il proteoma, vale a dire l'insieme di tutte le proteine codificate dal genoma, proteine che per la prima volta sono state catalogate grazie al lavoro di due gruppi di ricercatori che hanno pubblicato le loro ricerche sullo stesso numero della prestigiosa rivista Nature.

I due team, guidati uno da Akhilesh Pandey, ricercatore della Johns Hopkins University di Baltimora (Stati Uniti) e l'altro da Bernhard Küster della Technische Universität di Monaco (Germania), hanno lavorato indipendentemente, ma entrambi hanno sfruttato la spettrometria di massa per identificare le proteine espresse in diversi campioni di tessuti umani. "Le attuali annotazioni del genoma sono basate su algoritmi computazionali", ha spiegato Min-Sik Kim, ricercatore del team di Pandey. "Queste predizioni possono non essere sempre accurate, ed è per questo che abbiamo analizzato direttamente le proteine".

Il gruppo di Pandey ha generato dati completamente nuovi, analizzando diversi tipi di tessuti e arrivando a catalogare in quella che è stata battezzata Human Proteome Map le proteine codificate dall'84% circa di tutti i geni umani che secondo gli studi condotti fino ad oggi dovrebbero contenere le istruzioni per assemblare una proteina. Küster e collaboratori hanno invece utilizzato un metodo leggermente diverso, utilizzando dati già a disposizione e aggiungendone di nuovi analizzando tessuti, fluidi corporei e linee cellulari tumorali. Il risultato è il ProteomicsDB, una banca dati contenente il 92% delle oltre 19 mila proteine umane di cui è stata ipotizzata l'esistenza.

Proteomica

"Il vero punto fondamentale di questi due progetti è la copertura completa di più dell'80% del proteoma umano atteso, obiettivo che non era mai stato raggiunto prima", ha commentato Hanno Steen, esperto di proteomica del Boston Children's Hospital non coinvolto nei due lavori. Entrambi i gruppi hanno inoltre identificato nuove proteine codificate da regioni del genoma che non si pensava codificassero per proteine. Le molecole inattese sono ben 593 e la loro identificazione svela qualcosa di inaspettato: quella dal DNA alle proteine non è un percorso a senso unico e così come il genoma offre indicazioni utili per studiare le proteine, partendo dal proteoma è possibile studiare il DNA.

Ora Küster e colleghi intendo continuare a far crescere e a perfezionare la loro banca dati, mentre il gruppo di Pandey sta lavorando sul proteoma del feto, sull'aggiunta di dati riguardanti le modificazioni che vengono apportate alle proteine dopo la loro produzione e alla messa a punto di una mappa delle proteine del cervello. I dati della Human Proteome Map saranno presto consultabili attraverso la banca dati del National Center for Biotechnology, mentre ProteomicsDB è un database pubblico già consultabile. Le informazioni contenute nelle due banche dati saranno utili anche per studiare più approfonditamente diverse malattie.

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Via | The Scientist

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